多序列的汉明距离矩阵

Hamming distance matrix for multiple sequences(多序列的汉明距离矩阵)

问题描述

我有一个包含ID和相应DNA序列的FASTA文件，我已将其解析并存储到词典中。 我现在需要编写一个Python程序来计算所有序列的成对汉明距离矩阵。

到目前为止，我已经尝试对词典的所有值运行for循环并检查每个字符，但这不能正确实现汉明距离或返回矩阵。

推荐答案

尝试使用Skledge包，它有一个函数来计算指定距离度量的成对距离。您可以在此处找到该函数：https://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.metrics.pairwise_distances.html。

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